Tras graduarse en la Universidad Iberoamericana, trabajó como profesora en la universidad, en el taller Max Cetto de la Facultad de Arquitectura de la Universidad Autónoma de México y en la CMAS con la UPC. Del mismo modo, ha sido docente en programas de intercambio con universidades como ETSAB en Barcelona y varios talleres en México. También ha sido miembro del jurado en concursos de arquitectura y ha participado en la creación de proyectos reconocidos internacionalmente.
Dentro de la práctica como arquitecta y planificadora, Fernanda Canales ha trabajado en oficinas internacionales. En Tokio, Japón, trabajó en la firma Toyoo Itō Architects and Associates y en Barcelona, España, trabajó en la oficina del arquitecto Ignasi de Solà-Morales.
En México se convirtió en fundadora de Fernanda Canales, un estudio de arquitectura donde trabaja de forma independiente. Es arquitecta de numerosos proyectos importantes; muchos de ellos han sido reconocidos y premiados por su diseño. Entre ellos, el Centro Cultural Elena Garro Su visión personal hacia la construcción se basa en buscar lo que es esencial.
Para la arquitectura mexicana es importante satisfacer las necesidades del cliente y mantener la relación entre la construcción y el ambiente. Para Canales, la arquitectura es un agente de cambio. Su postura arquitectónica se ha reflejado en sus propuestas teóricas; Como resultado, Fernanda Canales es una reconocida autora de la crítica.
En 2005, publicó Espacios para la cultura de Abraham Zabludovsky. En 2008 publicó Central de Arquitectura, un análisis del trabajo de generaciones jóvenes y emergentes en diversos campos, como la construcción de viviendas, la construcción de hoteles y la de oficinas. Es coautora de 100x100 arquitectos del siglo XX en México, una colección de los arquitectos más importantes de México. En 2014 publicó Arquitectura en México 1910-2010.
Un estudio profundo que explica el desarrollo de la arquitectura moderna mexicana y no se limita al estudio de la arquitectura sino que se vincula con la planificación y el diseño urbano. Fernanda Canales también practica la crítica en columnas de revistas como Letras Libres, La Tempestad y Domus. Como museógrafa, dirigió la exposición Arquitectura en México 1910-2010 en el Palacio de Iturbide en la primavera y el verano de 2014.
Anteriormente, en 2013 fue curadora de Cultura en Construcción, una presentación de la XIII Exposición Internacional de la Bienal de Venecia, celebrada en la Nave Generadores del Parque Fundidora en Monterrey, N.L.